У Карловачкој митрополији, која је од оснивања па до краја Првог светског рата била у Аустријској царевини, током 18. века је било више покушаја да се оснују клирикална училишта за образовање православног свештенства, али је ова намера остварена тек 1794. године у Карловцима. Клирикална школа, као једина те врсте у Митрополији, убрзо је постала једна од четири најуспешније и најпознатије теолошке школе у православном свету. Школа је током свог развоја, од оснивања до савременог доба, прошла кроз неколико периода.
I ПЕРИОД(1794-1872)
Клирикално училиште почело је са радом 1/14. фебруара 1794. у Карловцима захваљујући митрополиту Стефану Стратимировићу. Смештено је у згради Нормалне школе, а први управитељ и професор био је протосинђел Петар Јовановић Видак. Неколико година касније, захваљујући, такође, митрополитовом ангажовању, отворено је Благодјејаније у коме су сиромашни ученици Клирикалне школе и Гимназије бесплатно добијали храну (1797).
Школска година одвијала се од почетка новембра до краја августа. У почетку је школовање трајало две године, да би од школске 1825/26. било продужено на три године. Рад школе у овом периоду прекинут је неколико пута: због куге (1795/96), због револуционарних дешавања (1848/49) и ради њене реорганизације (1872-1875).
II ПЕРИОД(1875-1920)
Након издавања Краљевског рескрипта 1868. године, приступило се реформи Богословије. Реформисана школа почиње са радом школске 1875/76. године, када је отворен први разред. У Богословију су примани свршени гимназијалци са положеним испитом зрелости, међутим у почетку је тај услов испуњавао мали број кандидата. Сваке следеће године отваран је по један разред, да би школске 1878/79. био отворен и четврти, завршни разред Карловачке богословије. Ученици су поред редовне наставе, били у обавези да сваког дана одлазе у цркву на јутрење, а недељом и празником на Литургију. Школска година почињала је 28. августа и трајала је 10 месеци. Први статут Православног српског богословског училишта донет је 1897. а следећи 1906. године.
Школске 1891/92. године Богословија је усељена у нову зграду (део зграде данашње гимназије), задужбину браће Анђелића – патријарха Германа и проте Стевана. Трудом и залагањем Патријарха Георгија Бранковића 1903. године за потребе Богословије изграђена је и зграда Богословског семинара.
Током Првог светског рата школа није радила, обновљена је на кратко 1917/18. само за ученике завршне године.
III ПЕРИОД(1920-1941)
Након Првог светског рата наставља се са богословским образовањем у Сремским Карловцима. Тада се у зграду Богословског семинара сели управа Београдске богословије која је током рата остала без своје зграде. Она ће радити до почетка Другог светског рата као Богословија Светог Саве.
IV ПЕРИОД(1967-)
Карловачка богословија обновљена је 1964. као одсек Богословије Светог Саве у Београду и тада је усељена у зграду Народно-црквених фондова, где и данас ради. Три године касније проглашена је, одлуком Светог архијерејског Сабора, за самосталну просветну установу под називом Богословија Светог Арсенија.
